Final Fantasy

L'introduzione mostra Squall Leonhart e Seifer Almasy, studenti del Garden di Balamb (accademia militare che addestra un gruppo mercenario elitario di nome SeeD), scontrarsi in un duello di Gunblade a scopo di allenamento.

Contemporaneamente, l'esercito di Galbadia (nazione militarista del continente occidentale) invade il piccolo stato del Ducato di Dollet con l'intento d'impadronirsi della sua Torre di Trasmissione.

Sfruttando lo scontro tra le due forze in causa come esame, il Garden di Balamb, sotto la supervisione di Quistis Trepe e altri insegnanti, invierà Squall e gli altri candidati Seed (tra cui Zell Dincht, Selphie Tilmitt e lo stesso Seifer) in missione contro Galbadia.
Ad esame concluso, nonostante le intemperanze di Seifer (che gli costeranno il diploma), Squall diviene un Seed a tutti gli effetti: e sarà proprio durante il ballo organizzato in onore dei nuovi cadetti che il protagonista incontrerà per la prima volta Rinoa Heartilly, membro del gruppo di resistenza I Gufi del Bosco della città di Timber.
A capo della squadra composta da Zell e Selphie, Squall si ritroverà a dover supportare proprio la suddetta fazione, entrando nuovamente in conflitto con il dispotico stato galbadiano per garantire il raggiungimento dell'indipendenza della città.

Gli eventi che si susseguiranno, uniti ai misteriosi sogni (condivisi dall'intero gruppo, o quasi) aventi il soldato galbadiano Laguna Loire come protagonista, porteranno ad un drastico mutamento delle priorità della missione dei Seed, ora incaricati dell'assassinio della Strega Edea, figura centrale nella dittatura di Galbadia. A questo scopo si unirà a loro Irvine Kinneas, studente del Garden di Galbadia ed esperto cecchino.

Dopo aver fallito l'attentato alla strega ed essere stati imprigionati (scoprendo tra l'altro il tradimento di Seifer in favore della stessa Edea) i Seed evadono dalla Prigione Distretto D solo per scoprire di un imminente duplice attacco missilistico nei confronti dei Garden di Balamb e Trabia.

Dividendosi in due gruppi (uno capitanato da Squall, l'altro da Selphie), i protagonisti riescono ad evitare solo l'annientamento del primo Garden (sedando tra l'altro la guerra interna scoppiata tra gli studenti e gli insegnanti fedeli al preside Cid Kramer con quelli del supremo Norg) rivelando così la vera natura del Garden: un'enorme fortezza mobile, utilizzabile come mezzo di trasporto.
Ancora incapaci di controllare la sua direzione, i Seed e tutto l'equipaggio del Garden finiranno per incagliarsi a Fisherman Horizon (un tempo stazione ferroviaria posta in mezzo al mare, ora una piccola città stato indipendente e dall'atteggiamento neutrale nei confronti del mondo) dove si ricongiungeranno con il gruppo di Selphie.

Divenuti finalmente in grado di manovrare il Garden, i Seed si recano a Trabia, dove in una lunga sequenza di flashback scoprono di essere stati tutti, ad eccezione di Rinoa e comprendendo invece Seifer, bambini nell'orfanotrofio della Madre, misteriosa figura che si rivelerà essere nient'altri che la strega Edea Kramer. Il gruppo realizzerà che la perdita di questi ricordi è dovuta all'eccessivo utilizzo dei Guardian Force.

Nonostante le rivelazioni destabilizzanti, i Seed proseguono la loro missione gettandosi in una cruenta battaglia contro il Garden di Galbadia (comandato da Edea e Seifer) guidati dal Squall, eletto comandante dal preside Cid.
Dopo la battaglia, un'ulteriore verità viene alla luce: Edea non ha mai agito di propria volontà, ma assecondando quella di Artemisia, potente strega proveniente da un lontano futuro il cui intento ultimo è scatenare la Compressione Temporale. Avendo abbandonato il corpo di Edea, Artemisia s'impadronisce di quello di Rinoa, portando in questo modo la ragazza ad uno stato di coma.

Con l'intento di risvegliarla, Squall parte alla volta di Esthar assieme ai suoi compagni alla ricerca di Ellione, la ragazza con il potere di inviare le persone indietro nel tempo (è proprio il suo potere, simulato attraverso un macchinario creato dal Dottor Odine, che permette ad Artemisia di manifestarsi nel passato, ed è sempre Ellione la causa dei sogni su Laguna.
Ad Esthar i Seed scopriranno che Ellione si trova nella stazione lunare per volere del Presidente del paese (nient'altri che Laguna in persona). Nel frattempo Seifer, ora solo al comando dell'intera Galbadia, riesuma la Lunatic Pandora, antica arma di distruzione esthariana concepita dalla strega Adele per provocare artificialmente il Pianto Lunare (che consiste nella caduta dei mostri, abitanti della Luna, sulla Terra).
Dopo varie peripezie nello spazio, il risveglio di Rinoa (divenuta una strega dopo che il suo corpo è stato posseduto da Artemisia) e il fortuito recupero dell'astronave Lagunarock, Squall e compagni si preparano finalmente al fatidico scontro con Artemisia: provocando volontariamente la Compressione Temporale grazie al potere di Ellione, infatti, i Seed riescono a giungere nel tempo della strega (per via della stessa natura della Compressione, in cui tutte le epoche si sovrappongono).
Dopo l'ultimo combattimento, Artemisia cederà i propri poteri ad una giovane Edea Kramer (generando uno dei paradossi chiave della trama del gioco) sotto gli occhi attoniti di Squall, che rivedrà anche se stesso da bambino e menzionerà alla Madre i Seed e il Garden, prima ancora che lei li avesse istituiti.
Facendo leva sui suoi ricordi e sentimenti che lo legano a Rinoa e i suoi amici, Squall riuscirà infine a ritornare nella sua epoca, avendo finalmente raggiunto una nuova serenità[4].
Nonostante questo lieto fine, però, è da notare come la natura fatalista della storia presenti un circolo immutabile e ripetuto in eterno, culminante con la devastazione portata da Artemisia e avente come fulcro la sua morte per mano dei Seed di fronte ad Edea Kramer[5][6].