Per la prima volta introdotta nell'enciclopedia pubblicata da Dark Horse, Hyrule Historia, la timeline stabilisce un ordine di successione cronologico tra tutti i capitoli della serie. La sua organizzazione si basa principalmente sull'effetto scatenato da eventi di particolare importanza, come dimostrano diversi dettagli che collegano Skyward Sword a Ocarina of TIme, separati da The Minish Cap e Four Swords.
In questo caso, Skyward Sword fa inequivocabilmente da prequel dell'intera serie, in quanto mostra l'origine e l'evoluzione di moltissimi elementi chiave comuni in tutti i capitoli, come la leggenda dell'eroe e la Master Sword.
Segue The Minish Cap, dove si narra di un antico popolo che discese dal cielo per donare la sacra luce e la leggendaria Quadrispada all'eroe, cosa che avvenne in contemporanea con la costruzione del Regno di Hyrule.
Si colloca immediatamente dopo Four Swords, il quale condivide con Minish Cap la comparsa del malvagio mago Vaati e la Quadrispada come arma che lo sconfigge ancora una volta.
Viene quindi Ocarina of Time, il capitolo che è più determinante nella struttura della timeline. Tutto ciò che avviene in Ocarina si basa sulla possibilità di Link di spostarsi tra un'epoca in cui è un bambino di 10 anni e un'altra in cui ne ha 17 ed assume il ruolo di Eroe del Tempo. Questa particolarità, messa assieme a ciò che avviene nel finale con le conseguenze della battaglia contro Ganondorf, porta a pensare che dopo Ocarina of Time vi siano in tutto 3 scenari:
- Uno in cui l'eroe, vittorioso, torna nella sua epoca, lasciando una matura Principessa Zelda sola nell'intento di ricostruire il suo ormai devastato Regno. In questa timeline si prosegue quindi nell'epoca in cui Link torna ad avere 10 anni e, maturo dell'avventura vissuta, fa in modo che Ganondorf venga improgionato e sigillato nel Sacro Reame prima che si impadronisca dello spaventoso potere della Triforza. Fanno parte di questa linea il seguito diretto di Ocarina, Majora's Mask, quello spirituale, Twilight Princess, e il secondo capitolo multiplayer per GameCube, Four Swords Adventures.
- Il secondo si concentra sull'epoca in cui Zelda cerca di ricostruire il regno, libero dall'oppressione del Re del Male, ora sigillato dai saggi nel Sacro Reame. Tuttavia, il sigillo si rivela più debole del previsto, in quanto Ganondorf riacquisisce le proprie forze non molto tempo dopo la sconfitta per mano dell'Eroe del Tempo.
La Principessa è allora chiamata a una decisione drastica per salvare Hyrule: in virtù del potere conferitole dalla Triforza della Saggezza, decide dunque di far sommergere da un vasto oceano tutto il regno e con esso anche l'accesso al Sacro Reame, lasciando poche isole sulla superficie per salvare i suoi abitanti.
Si tratta quindi di un sentiero temporale che tratta le vicende della Hyrule sommersa, in cui figurano The Wind Waker, Phantom Hourglass e Spirit Tracks.
- Il terzo caso, formalizzato principalmente per dare una collocazione cronologica ai primi quattro capitoli, vede la vittoria di Ganondorf nello scontro finale di Ocarina of Time. Nonostante l'Eroe non sia riuscito nell'impresa, i saggi riescono comunque a sigillare Ganondorf nel Sacro Reame per un breve periodo di tempo, poiché il sigillo non resiste e coi suoi poteri Ganon crea prima un proprio regno oscuro e successivamente attacca il regno di Hyrule. Tra i capitoli che seguono questo "what if" vi sono A Link to the Past, seguito da Link's Awakening, la saga degli oracoli, quindi Oracle of Ages e Seasons, A Link Between Worlds, Tri Force Heroes e i primi due Zelda di sempre, The Legend of Zelda e Zelda II: The Adventure of Link.
Resta ancora ignota l'ubicazione del più recente Breath of the Wild, sul quale continuano le speculazioni e si ricevono ancora poche conferme dai director. Resta poco chiara anche perché vi confluiscono elementi di tutti i capitoli, a prescindere dalla loro posizione cronologica.
Per esempio vi sono Zora e Rito nello stesso momento, quando in Wind Waker sono presenti solo i Rito come evoluzione naturale degli Zora, costretti ad adattarsi alla necessità di volare per raggiungere la vetta del monte dove alloggia lo spirito guardiano Valoo.
Le Gerudo, comparse in nessun altro capitolo dopo Majora's Mask, assenti nella stessa linea temporale in Twilight Princess.
I Korogu e l'albero Deku, come in Wind Waker, mentre vi è un Ganon in una versione immateriale ma suina, come figura soprattutto nella timeline dell'eore sconfitto. Inoltre vi sono luoghi caratteristici di Twilight Princess, come il ponte sul lago Hylia e il borgo del Castello.
Sembra quasi un punto in cui ogni timeline converge, aspetto sottolineato anche dallo stesso Aonuma che non si lascia però a rivelazioni precise, lasciando gli appassionati alle loro teorie su come Breath of the Wild collegarsi con il resto della serie.