[Parasite Eve]

Nel 2000, Aya si è ormai trasferita a Los Angeles, ed è diventata un HUNTER, ossia un agente investigativo appartenente alla M.I.S.T. (Mitochondrion Investigation and Suppression Team) sezione speciale dell'FBI che si occupa delle creature mitocondriali. Nel settembre di quell'anno, accade una nuova invasione massiccia di quei mostri in un edificio della città. Aya è mandata a risolvere la questione, ma sul posto incontra una donna, che si trasformerà un NMC.Aya non capisce ancora bene cosa stia succedendo, ma alla fine incontra un uomo in divisa col viso coperto, che cerca di ucciderla, ma alla fine questa si salva, prima che il palazzo venga fatto saltare in aria. Tornata alla sezione M.I.S.T., il suo capo la rileva dal caso di Los Angelese, e la manda ad indagare sugli NMC di Dryfield, un paesino del Texas. Qui Aya incontrerà oltre che una grande quantità di mostri, anche Kyle Madigan, un investigatore, che la informerà sulla presenza di un rifugio segreto fra le montagne, in cui venivano effettuati misteriosi esperimenti.Aya e Kyle si dirigono sul posto e dopo mille scontri, trovano Neo-Ark, una serra sotterranea, simile ad uno zoosafari, in cui le creature potevano trovare un habitat in cui prosperare. Il tutto era gestito dagli scienziati del laboratorio del rifugio, che voleva far evolvere verso uno stadio superiore la razza umana. Qui Aya trova Eve, la regina dell'Ark, un suo clone, che comandava l'esistenza di tutti gli ANMC (Artificial Neo-Mitochondrial Creature) creati in quel posto, a partire proprio dal DNA dell'agente speciale.L'uomo con la maschera però si ripresenta e le sottrae Eve, per portala dinnanzi alla crisalide, dalla quale, grazie alla bambina, verrà generato l'organismo che con il suo virus, trasformerà tutta l'umanità in ANMC. Il processo di metamorfosi ha successo, ma Aya riesce a sconfiggerlo, salvando Eve da una fine terribile.