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Gli eventi di Killzone 3 riprendono immediatamente dopo la fine di Killzone 2: Sev e Rico, dopo aver ucciso il colonnello Radec e l'imperatore Scolar Visari, cercheranno, insieme al capitano Narville e gli ultimi soldati dell'ISA (Interplanetary Strategic Alliance), di fuggire da Helghan, dopo che gli Helghast hanno distrutto con una bomba nucleare la loro capitale, Pyrrhus, uccidendo la maggioranza delle truppe dell'esercito ISA, lasciando il resto allo sbando. Per la guida del pianeta Helghan, dopo la morte di Visari, si fronteggeranno l'ammiraglio Orlock, comandante di tutte le forze armate Helghast, e Jorhan Stahl, presidente delle Stahl Arms (principale fornitrice di armi per l'esercito Helghast), creando un conflitto dentro la guerra tra Helghast e ISA, quest'ultima divenuta solo un interesse politico per i due pretendenti al trono di Visari. Ma i piani degli Helghast vanno ben oltre l'eliminazione degli ISA e ben presto si scopriranno le loro vere intenzioni.
La storia inizia sei mesi dopo la morte di Visari nello stabilimento sud delle Stahl Arms dove, giocando nei panni di un soldato Helghast, veniamo assegnati al poligono di tiro dove faremo pratica con delle armi (questa missione infatti funge da tutorial per il gioco). Dopo il poligono veniamo assegnati alla sala conferenze dove Jorhan Stahl terrà un discorso alla nazione, giustiziando il capitano Narville, caduto misteriosamente prigioniero degli Helghast. Arrivati alla sala conferenze ci viene dato l'ordine di giustiziare. Prima di sparare, però, il nostro personaggio svela la sua vera identità: è il sergente Sevchenko, che immediatamente punta l'arma verso Stahl.
A questo punto il gioco ci porta sei mesi prima, davanti al palazzo di Visari, dove Sev e il resto dell'esercito ISA cercheranno di scappare da Helghan dopo l'arrivo di un'imponente flotta d'incrociatori nemici che si dirige verso le ultime navi alleate per distruggerle. Il tempo scarseggia e Sev e Rico salgono a bordo di un blindato, insieme al convoglio di Narville, per raggiungere il punto d'evacuazione. Dopo poco, però, veniamo speronati da alcuni carri nemici, per poi ritrovarci a riunirsi al convoglio dopo alcuni scontri. Dopo aver attraversato il fiume Corinth e un'autostrada e distrutto alcuni APC e carri Helghast, Sev e Rico ricevono l'ordine di distruggere una torre ad arco che ostacola l'evacuazione. Dopo aver distrutto la torre i due soldati si mettono alla guida di due esoscheletri, con l'obiettivo di eliminare le ultime resistenze Helghast che li separano dal punto di evacuazione. Una volta eliminati i soldati e le posizioni antiaeree, Rico riceve una richiesta di aiuto da parte di Jammer e alcuni soldati, rimasti intrappolati dalle forze Helghast. Allora Rico decide di andare ad aiutarli, andando contro gli ordini di Narville e lasciando Sev da solo. Uccisi gli ultimi nemici Sev, Narville e alcuni soldati raggiungono il punti di evacuazione ma ormai è troppo tardi: gli ultimi incrociatori alleati lasciano il pianeta lasciando gli ultimi soldati ISA a un triste destino. Sev e Narville si diriggeranno verso un punto d'evacuazione alternativo, mentre Rico e Jammer vengono apparentemente travolti da un incrociatore alleato mentre stava precipitando.
Sei mesi dopo il senato di Helghan decide di considerare l'affidamento di tutto l'esercito Helghast a Stahl per eliminare gli ultimi superstiti ISA, dopo che Orlock ha fallito nel trovarli e ucciderli. Stahl allora promette che non deluderà le aspettative del senato e che manderà un messaggio in diretta a tutta la nazione che renderà la scelta del senato molto più semplice. Nel frattempo gli ultimi soldati ISA, rifugiatesi in una giungla, guidati da Narville cercano di comunicare con la Terra per cercare un modo per scappare da Helghan. Ma il collegamento salta e Narville ordina a Sev e Kowalskin di andare a ripristinarlo. Dopo aver ucciso alcuni soldati nemici furtivamente, i due soldati scoprono che gli Helghast hanno allestito un grande accampamento militare e che sono pronti ad attaccare. Sev allora ordina a Kowalskin di andare ad avvertire Narville, mentre lui riattiva il collegamento. Appena attivato riceve una comunicazione dalla Terra che ordina a tutte le truppe ISA di arrendersi, così da salvarli e farli tornare come prigionieri di guerra. Ma Sev sa che gli Helghast preferiscono uccidere che fare prigionieri, quindi decide di tornare indietro per avvertire Narville. Appena arrivato Sev si unisce ai suoi compagni, che stanno combattendo contro gli Helghast, cercando di respingerli. Ma gli Helghast sono troppi e alla fine riescono a catturare Narville e Sev, giustiziando gli altri, tra cui Kowalskin.
A questo punto Sev e Narville vengono trasportati verso gli stabilimenti di Stahl, ma durante il viaggio Rico e Jammer riescono a salvare Sev, ma non Narville. Allora Sev e Rico si fanno strada tra le raffinerie di Stahl nei ghiacci polari di Helghan per salvarlo. Dopo aver distrutto tutte le postazioni antiaeree e alcuni soldati muniti di jet pack, Sev e Rico, dopo aver ucciso due soldati nemici, si travestono da Helghast per infiltrarsi nello stabilimento di Stahl. Raggiunto lo stabilimento i due, con alcuni diversivi, riescono a raggiungere la sala trasmissioni dove Stahl sta per mandare in onda il suo messaggio. Durante il messaggio Stahl ordina a Sev di uccidere Narville ma, mentre l'arma si carica, Sev la punta verso Stahl, il quale fugge. Allora Sev e Rico decidono di andare alla sala computer per prendere alcuni informazioni nemiche, mentre Narville va a salvare gli altri prigionieri. Sev e Rico raggiungono la sala computer, dopo alcuni scontri tra dei laboratori, e scoprono i piani militari degli Helghast: infatti hanno intenzione di distruggere la Terra per poi sottomettere tutte le colonie. A questo punti Sev, Rico, Narville e gli altri prigionieri riescono a sconfiggere la resistenza nemica nello stabilimento e a scappare: Narville e gli altri prigionieri vengono presi da Jammer, mentre Sev e Rico decidono di scendere la montagna con un rompighiaccio. Dopo un inseguimento da parte degli Helghast e un bombardamento da uno speciale incrociatore nemico, progettato da Stahl, i due soldati raggiungono una valle per poi avanzare verso l'ascensore spaziale, che è l'unico modo per raggiungere la stazione orbitale, dove si stanno raggruppando tutte le navi Helghast, per avvisare la Terra e per cercare d'impedire l'attacco.
La figuraccia che Stahl ha fatto durante il suo messaggio costringe il senato a nominare Orlock nuovo autarca di Helghan, costringendo Stahl a dare i suoi piani militari a Orlock sulla stazione orbitale sopra il pianeta. Orlock, però, ordina ai suoi uomini di uccidere Stahl appena gli consegnerà i piani militari. Raggiunta la valle Sev e Rico osservano l'esercito ISA, guidato da Narville e Jammer, raggiungere l'ascensore spaziale, ma succede un imprevisto: uno strano sistema difensivo, alimentato da petrusite irradiata, viene attivato, uccidendo alcuni soldati alleati. Sev e Rico allora decidono di distruggere il sistema difensivo con una fabbrica semovente. Per raggiungere la fabbrica Sev e Rico si fanno strada in una valle piena di rottami, dove si fronteggeranno con diversi nemici, sentinelle volanti e un corazzato. Dopo aver eliminato la resistenza nemica e alcuni soldati con il jet pack, Sev e Rico si impossessano della fabbrica semovente, facendola schiantare contro il sistema difensivo, disattivandolo. Adesso l'esercito ISA poi continuare la sua marcia ma un altro problema compare: un MAWLR, una gigantesca macchina da guerra Helghast, ostacola l'avanzata, uccidendo una parte dell'esercito. Sev allora decide di distruggerlo, mentre Rico lo distrae con gli incursori. Il piano sembra funzionare e ormai l'ascensore spaziale è vicino, ma il MAWLR riprende ad attaccare. Allora, a bordo di un incursore, Sev e gli altri soldati distruggono il MAWLR e raggiungono l'ascensore. A questo punto gli ultimi soldati ISA si dividono i due gruppi: uno guidato da Jammer con lo scopo di avvisare la Terra, e l'altro guidato da Narville, insieme a Sev e a Rico, per eliminare la resistenza nemica e bloccare l'attacco Helghast.
Arrivati sulla stazione orbitale Sev e Rico si fanno strada tra le file nemiche, mentre Jammer raggiunge la sala comunicazioni. Nel frattempo Stahl e Orlock si incontrano e quest'ultimo ordina alla sua scorta di uccidere Stahl, ma essa punta le armi a Orlock, dopo che Stahl l'ha corrotta. Subito dopo Stahl ordina ai suoi incrociatori, nettamente più forti e avanzati tecnologicamente, di attaccare le navi di Orlock, causando una grande battaglia spaziale tra le fazioni Helghast. Con grande abilità, però, Orlock riesce a uccidere tutti i soldati, rimanendo da solo con Stahl. Quest'ultimo però riesce a uccidere Orlock e decide di andare sul suo incrociatore per incominciare l'attacco alla Terra. Immediatamente Sev, Rico, Narville, Jammer e i rimanenti soldati ISA prendono alcune navicelle spaziali per inseguire Stahl, tra il fuoco incrociato delle navi Helghast. Alla fine Stahl raggiunge il suo incrociatore e inizia i preparativi per la partenza. Sev però riesce ad annullare il lancio e a distruggere l'incrociatore prima che parta a curvatura, ma Stahl riesce a riprendere il controllo dell'incrociatore e, mentre cerca di atterrare, spara dei missili contro le navicelle ISA. Dopo aver eluso i missili, Sev lancerà una bomba alla Petrusite contro l'incrociatore che, esplodendo, distrugge la stazione orbitale e gran parte di Helghan. Mentre Sev e gli altri scappano dall'esplosione, Jammer comunica che non vi è nessun segnale provienente dal pianeta, ormai divenuto muto. Scampato il pericolo, tutti gli ultimi soldati ISA riescono finalmente a scappare da Helghan.
In una scena a metà dei titoli di coda, due soldati Helghast sono alla ricerca di qualcosa attraverso alcune rovine, quando si imbattono in una capsula di salvataggio. Anche se l'identità del passeggero non è rivelata, uno dei soldati dice: "Bentornato, signore. "

4 marzo 2012 alle 21:35