Riprendendo gli eventi e la trama del primo Killzone per PlayStation 2 e di Killzone: Liberationper PlayStation Portable, a quasi due anni dall'assalto Helghast su Vekta, l'ISA (Interplanetary Strategic Alliance) sta spostando il fronte su Helghan, il pianeta natale del nemico. L'obiettivo ISA è semplice: sbarcare su Helghan e catturare il leader Helghast, l'Imperatore Visari, con un'offensiva lampo per arrestare la macchina da guerra Helghast, puntando su una presunta superiorità di equipaggiamento e dello scarso morale delle truppe Helghast. Nei panni del Sergente Tomas "Sev" Sevchenko, un veterano della guerra di Vekta, temprato dalle battaglie e membro della squadra Alpha (una unità di forze speciali dell'esercito ISA), i giocatori si troveranno in prima linea per compiere una missione programmata per annientare la minaccia Helghast. Ma per Sev e la sua squadra, l'invasione di Helghan è soltanto l'inizio. Nel tentativo di conquistare Pyrrhus, la capitale, la squadra scopre presto che gli Helghast rappresentano un nemico formidabile sul proprio pianeta natale, pronto a morire pur di non arrendersi.
TOMAS "SEV" SEVCHENKO
La flotta d’attacco ISA, con a capo la nave ammiraglia ‘New Sun’ del colonnello Jan Templar, è schierata sopra i cieli di Pyrrhus, la capitale di Helghan. L’obiettivo è invadere la città, stabilire una testa di sbarco e catturare il leader helghast Scolar Visari per porre fine al conflitto.
La squadra Alpha, un’unità d’èlite dell’esercito ISA composta dai sergenti Rico Velasquez e Tomas Sevchenko e dai caporali Dante Garza e Shawn Natko, tocca il suolo nemico nei pressi del Corinth River insieme alla prima ondata dell’assalto. L’invasione sembra procedere per il verso giusto finché gli Helghast non attivano il sistema difensivo della città, costituito da torri ad arco in grado di convogliare enormi quantità di energia per sprigionarla sulla flotta ISA. In balìa delle micidiali torri la prima ondata subisce forti perdite, cosicché la squadra Alpha viene inviata alla Visari Square dal capitano Narville a neutralizzare il sistema difensivo.
Nella distruzione della batteria, il caporale Garza raccoglie una parte di uno degli shrapnel e, una volta a bordo della New Sun, lo consegna alla scienziata Evelyn Batton. Analizzandolo, la giovane scopre che le torri sono composte da un elemento minerale di nome "petrusite". Inoltre, durante l'avanzamento attraverso il distretto Salamun, l'esercito ISA si imbatte in altre strutture difensive estensibili, simili alle torri ad arco, che distruggono la colonna ISA che avanzava nell'interno della città. Il colonnello Templar ordina quindi alla squadra Alpha di recarsi insieme ad Evelyn nelle "Terre Desolate" a sud di Pyrrhus, per investigare e possibilmente annientare la fonte di energia che dà potere alle linee difensive Helghast.
Giunti al villaggio di Sulijeva, Sev e Rico si separano dal resto del gruppo per attivare un'antenna radio, in modo da poter comunicare con la New Sun. Dopo aver perso il contatto radio con Evelyn, i due scoprono che la ragazza è stata catturata insieme a Garza e Natko dalle truppe nemiche. Dopo averli localizzati, li seguono a bordo di un sistema ferroviario sotterraneo che termina la sua corsa alla raffineria Tharsis.
Una volta alla raffineria, Sev e Rico scoprono che i tre amici sono stati catturati nientemeno che da Mael Radec, il comandante in capo dell’esercito Helghast conosciuto come il “cane da caccia di Visari”. Rico e Sev assistono alla scena nascosti : Radec interroga i tre, minacciando di ucciderli se non gli riveleranno i codici per le armi nucleari. Sev decide di aggirare il nemico e prenderlo di sorpresa per non mettere in pericolo i compagni tenuti in ostaggio, ma Rico in un impeto di rabbia irrompe sulla scena sparando all’impazzata. Nella confusione il caporale Garza viene ferito gravemente, Radec riesce a fuggire e dopo una estenuante sparatoria la squadra viene raccolta da un veicolo di soccorso chiamato da Evelyn. Purtroppo Garza morirà tra le braccia di Sev prima di arrivare a bordo della New Sun.
Sev incolpa Rico dell'accaduto, ritenendolo responsabile della morte di Garza per non aver saputo gestire al meglio la situazione. La missione ha comunque dato i suoi frutti : avendo capito che la raffineria è la principale fonte di energia per le difese del pianeta, e il colonnello Templar decide di bombardarla per annientare la griglia difensiva della capitale. Ma il piano viene interrotto dagli Helghast, che abbordano tutte le navi della flotta ISA compresa la New Sun. La squadra Alpha abbandona la nave ormai destinata alla distruzione mentre il colonnello Radec ( in cerca dei codici per le armi nucleari ) arriva sul ponte di comando, uccide Evelyn e ferisce a morte il colonnello Templar, che avrà però il tempo di correggere la rotta della nave in caduta facendola schiantare sulla raffineria. Templar non è morto invano : il sistema difensivo di Pyrrhus è ormai disattivato.
Una volta atterrata, la squadra Alpha ha l’ordine di riunirsi al capitano Narville che sta radunando le truppe sbarcate dalla flotta in fiamme per sferrare l’attacco finale alla città. Una volta al punto di riunione, la squadra assiste a una esplosione nucleare in lontananza : Visari, sconfitte le difese della città, decide di far esplodere un ordigno con i codici recuperati da Radec, annientando così il grosso delle truppe ISA rimaste in città. Narville e compagni, resisi conto della loro inferiorità e del fatto che andrebbero incontro alla morte comunque, decidono di sferrare ugualmente l’attacco alla città e tentare il tutto per tutto.
Dopo un assalto disperato, Rico e Sev penetrano nel palazzo di Visari dove sbaragliano la sua guardia personale e feriscono gravemente Radec, che decide di suicidarsi per non essere catturato vivo. Superato l’ultimo baluardo difensivo, i due si trovano faccia a faccia con Visari : il leader Helghast non ha un atteggiamento da sconfitto, e asserisce che la sua cattura non cambierà le sorti della guerra ( che è ben lontana dalla fine ), e che il suo popolo coprirà le strade con i loro morti prima di arrendersi. Inoltre, sostiene di essere l’unico in grado di tenere a bada la furia del suo popolo, e che se dovesse morire gli Helghast sarebbero incontrollabili, senza una guida, in balìa di una furia cieca. Improvvisamente Rico, in preda a un impeto di rabbia, spara a Visari che, morente, pronuncerà la frase “La follia…comincia ora!” Sev, sconvolto dal gesto del suo caposquadra, dalla morte dei suoi amici e ormai esausto dalla guerra, siede sulle scale del palazzo e guarda in alto : centinaia di navi Helghast ( che si supponeva fossero state tutte annientate ) si stagliano nel cielo, distruggendo ciò che rimane della flotta ISA, intrappolando i restanti soldati ISA su Helghan e confermando ciò che Visari aveva predetto.