Anno 1995. Interno del Sud Africa, 200 km a nord di Garzurg. Outer Heaven, una nazione-fortezza colma di armi, creata da un leggendario mercenario. Egli era temuto tanto dai suoi nemici quanto dai suoi amici perchè era un eroe e un lunatico. Le nazioni “occidentali” hanno scoperto che un arma di distruzione di massa in grado di cambiare la guerra è in corso di sviluppo a Outer Heaven, e hanno ordinato alla forza speciale tecnologica di occuparsi del caso. In risposta a questo ordine Big Boss, comandante in capo della FOXHOUND, ha inviato Gray Fox, l’uomo con il nome in codice “Fox”, quello assegnato al migliore della squadra. Operazione Intrude N313… Dopo alcuni giorni e dopo un messaggio che diceva “Metal Gear…”, Gray Fox è stato dato per disperso. Vista la gravità della situazione, i pezzo grossi dell’ “occidente” chiamano ancora la FOXHOUND. Big Boss sceglie allora Solid Snake, appena aggregato alla FOXHOUND, come agente a cui affidare tutto quanto.
Dopo essere riuscito a infiltrarsi a Outer Heaven, Snake entra in contatto con i membri della resistenza locale, Schneider, Diane e Jennifer. Grazie al loro aiuto, egli riesce a liberare Gray Fox, che mette al corrente il gruppo dei tremendi dati sul Metal Gear. Questo enigmatico nome è il codice di sviluppo di un robot semovente armato con una testata nucleare di nuovo tipo. Esso era in grado di superare anche i terreni che avrebbero arrestato qualsiasi carro e poteva condurre una guerra da solo, con armi come i cannoni Vulcan e i missili anticarro. Era un tipo di arma del tutto nuova, in grado di lanciare una attacco nucleare contro qualunque luogo da un punto qualsiasi della superficie terreste…
Con il Metal Gear, Outer Heaven tentava di acquisire una supremazia militare sull’intero mondo. Per distruggere quel mostro, Snake liberò l’ingegnere capo del Metal Gear, il Dott. Pettrovich e sua figliaElen, che era stata presa in ostaggio per costringere il padre a sviluppare il robot.
Snake apprende dal Dott. Pettrovich come distruggere il Metal Gear. Mentre si avvicina alla base centrale di Outer Heaven, però delle tremende trappole lo attendono, come se tutte le sue azioni fossero già note al nemico…
Nel mezzo della battaglia che si scatena, il capo della resistenza, Schneider, cade prigioniero del nemico e Snake stesso viene ferito, in uno scontro che lo vede opposto ai migliori mercenari di Outer Heaven.
Lo spirito indomabile di Snake, però, lo porta fino al centesimo piano della base segreta dove si trova il Metal Gear. Evitando i potenti sistemi di difesa progettati per eliminare tutti gli invasori, Snake riesce infine ad avere successo, distruggendo il Metal Gear.
Egli prova quindi a fuggire da Outer Heaven visto che ha completato la missione.
Durante la fuga, però, viene affrontato da un uomo: il comandante in capo della FOXHOUND, Big Boss. Questi, ridendo, rivela allo sbigottito Snake il vero scopo della sua missione. Egli mentre serviva come comandante della FOXHOUND, dirigeva anche un agenzia di mercenari, utilizzando i suoi vari contatti e i capitali accumulati nei suoi anni di lotte mercenarie. Big Boss stava pianificando la costruzione di una grande base militare per la sua organizzazione, Outer Heaven. Il suo scopo, nell’inviare Solid Snake a Outer Heaven, era quello di creare confusione nelle potenze “occidentali”.
Purtroppo per lui, Big Boss aveva sbagliato i conti. Non aveva pensato che Snake potesse avere successo. Dopo aver perso il Metal Gear, Big Boss aveva attivato il sistema di autodistruzione della base sotterranea. Mentre il conto alla rovescia per l’esplosione prosegue, l’urlo di Big Boss risuona forte “Sei andato troppo lontano. Troppo!” Al centesimo piano, la battaglia tra i due uomini ha inizio, senza nessuna ideologia e nessuna motivazione politica… La nazione fortezza Outer Heaven crolla su se stessa. L’impenetrabile roccaforte della miglior tecnologia militare, custodita dai mercenari più preparati, è in preda alle fiamme. Dietro di lui le fiamme raggiungono il cielo, mentre Outer Heaven scompare, lasciando solo Solid Snake.