Metal Gear Solid

Mare di Bering. L'ex agente speciale Solid Snake della FOX-HOUND viene prelevato con la forza dalla sua casa in Alaska e messo in contatto con il colonnello Roy Campbell: dovrà svolgere una missione nel deposito di testate nucleari dell'isola di Shadow Moses. L'impianto è stato occupato da terroristi guidati dagli attuali membri dell'unità FOX-HOUND capeggiati da Liquid Snake: come Solid Snake nota in una fotografia, le sue fattezze e quelle di Liquid sono praticamente identiche. I terroristi vogliono i resti di Big Boss e chiedono un riscatto in denaro al governo degli Stati Uniti: se non l'otterranno, scaglieranno missili nucleari sul territorio americano. L'obiettivo di Snake è infiltrarsi nella base, capire se i terroristi hanno realmente la capacità di lanciare una testata nucleare e, se così fosse, impedire che possano farlo; deve inoltre salvare il presidente della ArmsTech, Kenneth Baker, e il direttore della DARPA, Donald Anderson.

Snake accetta l'incarico e si infiltra nella base via mare con attrezzature da immersione. Oltrepassato l'eliporto e il deposito dei carrarmati, accede alla cella dove è imprigionato il direttore della DARPA. L'uomo informa Snake dell'esistenza di una rivoluzionaria arma nucleare, il Metal Gear REX, che si trova in un hangar della base. Continua dicendo che per poter lanciare una testata nucleare bisogna immettere due codici di lancio, uno dei quali è in possesso di Kenneth Baker (tenuto prigioniero in un piano interrato non lontano) mentre l'altro era conosciuto dallo stesso Anderson, il quale, però, l'ha rivelato sotto tortura ai terroristi. Il direttore fornisce a Snake una carta di accesso e gli chiede come la Casa Bianca farà fronte alle minacce dei terroristi, ma muore misteriosamente, per un attacco cardiaco. Uscito dalla cella Snake viene attaccato da un soldato che, dopo averlo aiutato a combattere alcune guardie, viene posseduto dal telepate di FOX-HOUND, Psycho Mantis, e lo abbandona.

Sfruttando le informazioni di Anderson, Snake trova Kenneth Baker, ma prima di poterlo liberare ingaggia una sparatoria contro Revolver Ocelot. Un misterioso ninja irrompe improvvisamente sulla scena tagliando di netto la mano destra di Ocelot e l'esplosivo al quale è collegato Baker; Ocelot fugge e il ninja scompare mentre Snake aiuta Baker. Il presidente lo informa che i suoi codici di lancio sono in possesso dei terroristi, non essendo riuscito a resistere, come Anderson prima, alle torture di Ocelot. Poiché i terroristi sono ora in grado di lanciare la testata, l'unica speranza per impedire il lancio è contattare l'ingegnere capo del progetto REX, Hal "Otacon" Emmerich, che si trova nel secondo complesso della base. Baker dà a Snake un disco ottico con tutte le informazioni raccolte sul Metal Gear Rex, una nuova scheda di accesso e la frequenza codec del soldato precedentemente incontrato da Snake, che si rivela essere Meryl Campbell, nipote del colonnello Campbell, alla quale ha lasciato una tessera di sicurezza valida per evitare il lancio. Afferma inoltre di aver riconosciuto il ninja come l'"oscuro segreto di FOX-HOUND". Snake gli chiede perché il direttore della DARPA e lui si trovassero nella base in quel momento: Baker risponde che dovevano eseguire un test per verificare i dati teorici del Metal Gear REX nella pratica. Alla domanda sul perché erano necessari test se l'arma utilizzava una tecnologia già conosciuta, Baker viene improvvisamente colpito da infarto; accusando il Pentagono della sua morte, si accascia inerme dopo aver detto al nostro che "loro" stanno usando Snake.

Snake entra in contatto con Meryl e riesce ad accedere in un nuovo settore del complesso di Shadow Moses, il vero e proprio deposito nucleare dopo essersi scontrato con un altro membro Fox-Hound, Vulcan Raven. Snake trova il Dottor Emmerich e, dopo aver sconfitto il cyborg ninja di prima (che scopre essere Frank Jaeger), salva lo scienziato. Snake entra in contatto con Meryl e riesce ad avviarsi, dopo aver ucciso Psycho Mantis, verso le torri di controllo. Qui Meryl viene ferita e intrappolata da un temibile cecchino, Sniper Wolf. Snake si procura un PSG-1 per sconfiggere Wolf, ma quando torna alle torri Meryl è scomparsa. Avanzando, Snake viene disarmato e catturato da Wolf. Al suo risveglio si ritrova legato ad una macchina della tortura, manovrata da Ocelot. Il giocatore ora ha due possibilità: cedere e rivelare ogni informazione in suo possesso, oppure resistere al supplizio. Alla fine della tortura Snake viene rinchiuso in una cella, ma è in possesso di nuove informazioni: il Metal Gear REX esiste ed è armato con testate nucleari. Fuggito dalla sua cella, Snake avanza nella struttura affrontando un Hind D pilotato da Liquid. L'obiettivo di Snake è sempre più vicino: usa la scheda PAL per disattivare il REX, cadendo nella trappola di Liquid e finendo invece per attivarlo. Costretto a distruggerlo, lo fa con l'aiuto di Frank Jaeger che si immola. In seguito alla distruzione del REX ci sarà una scontro a mani nude fra Liquid e Snake sulla carcassa del Rex per salvare Meryl. Una volta battuto Liquid, Snake scappa fuori dal complesso con Meryl (oppure con Otacon se ha ceduto alla tortura) per evitare un imminente bombardamento che servirà a distruggere la struttura. Durante la fuga Snake e il suo compagno verranno inseguiti da un redivivo Liquid che finirà però per morire a causa del virus Foxdie.