La storia di Kingdom Hearts: Chain of Memories prende luogo direttamente dopo la fine del prequel, Kingdom Hearts. Troviamo Sora, i suoi due amici Paperino e Pippo, ed anche il Grillo Parlante, che camminano su di un sentiero apparentemente infinito, quando improvvisamente un uomo misterioso vestito di nero e nascosto da un cappuccio dice a Sora: "Più avanti c'è qualcosa di cui hai bisogno. Ma per ottenerlo, perderai qualcosa che ti è caro." Sora e i suoi compagni continuano sul sentiero, e trovano una fortezza chiamata Castello dell'Oblio (Castle Oblivion). Nel momento in cui entrano, trovano la figura misteriosa.
Appena Sora e i suoi compagni si apprestano ad attaccare la figura, scoprono che le loro abilità sembrano non avere effetto. Poi la figura spiega che al momento in cui i nostri eroi sono entrati nel castello essi hanno dimenticato ogni abilità che prima conoscevano. Questa figura continua creando un mazzo di carte composto dai ricordi di Sora e dei suoi amici, e dice loro che ogni cosa che incontreranno in quel castello sarà basato su questi stessi ricordi. Ma più essi andranno avanti, maggiori saranno le esperienze dimenticate